Primo periodo di detenzione
Dopo la sentenza del Tribunale Militare, per il Metropolita Josyf Slipyj ebbe inizio il lungo calvario dei trasferimenti attraverso il sistema dei campi di prigionia sovietici. I continui spostamenti durarono mesi: vagoni ferroviari per detenuti, freddo, fame e lunghe marce sotto scorta divennero parte della sua quotidianità. Il suo percorso lo condusse attraverso Novosibirsk, Marijinsk nella regione di Kemerovo, Bojmy e Kirov.
A Marijinsk si ammalò gravemente, contraendo una polmonite e la dissenteria. Profondamente debilitato e costretto a sopravvivere nel duro ambiente criminale del campo, dovette affrontare nuove sofferenze. Nel febbraio del 1947, a Bojmy, si fratturò un braccio. Un medico commentò con amara ironia: «Ad altri rompono le costole; a lei hanno rotto soltanto un braccio». L'arto guarì senza cure adeguate, come molte delle ferite riportate durante gli anni di prigionia: senza assistenza, ma con una straordinaria forza d'animo.

Nel corso del 1947 fu trasferito nei campi di Pečora e di Inta, tra i più duri dell'intero sistema dei Gulag. Egli stesso ricordò in seguito:
«Pečora è il peggior campo dopo Kolyma e Noril'sk. Regione polare, permafrost: sei mesi di giorno e sei mesi di notte.».
Le condizioni climatiche erano estreme: gelo intenso, umidità, alternanza di lunghi periodi di luce e di oscurità e una continua spossatezza fisica. Eppure, anche in queste circostanze, rimase un punto di riferimento spirituale per gli altri detenuti, sacerdoti e laici. Nella primavera del 1948 fu trasferito nuovamente, prima a Kos'ju, nella Repubblica Autonoma dei Komi, e successivamente a Pot'ma, in Mordovia.
Tra il 1948 e il 1949 fu detenuto nel Campo n. 23 del distretto di Temnikov, in Mordovia. Durante l'inverno le sue condizioni di salute peggiorarono drasticamente: febbre alta, gravi problemi polmonari e una profonda debolezza fisica. Ricoverato più volte nell'infermeria del campo, veniva tuttavia regolarmente rimandato ai lavori ordinari per ordine delle autorità di sicurezza. Anche la malattia più grave non gli faceva perdere la qualifica di detenuto «particolarmente pericoloso».

Nonostante le condizioni del campo, il Metropolita cercava di celebrare quotidianamente la Divina Liturgia e di amministrare i sacramenti ai compagni di prigionia. Egli stesso ricordava:
«Vi celebravo ogni giorno la Divina Liturgia e distribuivo la Comunione al vescovo Mykola Čarnec'kyj e a padre Hradjuk.»
Anche nella prigionia non cessò mai di essere un maestro. Ogni volta che se ne presentava l'occasione insegnava lingue ai compagni di detenzione e teneva conversazioni su temi teologici, storici e culturali.
Nel 1950 fu trasferito improvvisamente a Kiev per testimoniare in un processo. Terminata la deposizione, venne ricondotto a Pot'ma e successivamente assegnato al Campo n. 14. I continui trasferimenti rimanevano una delle prove più dure della detenzione, caratterizzati da lunghi viaggi, incertezza, sorveglianza costante e forte pressione psicologica.
Il 15 maggio 1953 fu convocato davanti a una commissione speciale. Ancora una volta gli venne proposto di rompere la comunione con la Chiesa cattolica e di aderire alla Chiesa Ortodossa Russa. In cambio gli furono promessi la restituzione delle sue dignità ecclesiastiche e persino un incarico di primo piano nella gerarchia del Patriarcato di Mosca. Anche questa volta la sua risposta fu un rifiuto netto e irrevocabile.
Poche settimane dopo, in seguito alla morte di Stalin, si verificò un inatteso cambiamento. Nel giugno del 1953 Slipyj fu convocato a Mosca nell'ambito di un progetto volto a ristabilire contatti con il Vaticano. Il generale Žukov gli propose di scrivere una storia della Chiesa Greco-Cattolica Ucraina nell'Unione Sovietica. Ottenuto il permesso di frequentare le biblioteche, poté per un certo periodo consultare quotidianamente importanti fondi librari. In quei mesi raccolse il materiale che sarebbe poi confluito nella sua grande opera, Storia della Chiesa Universale in Ucraina. Anche da prigioniero continuava a vivere la propria vocazione di studioso.
La situazione mutò nuovamente il 26 giugno 1953, quando Lavrentij Berija fu arrestato. Le successive epurazioni all'interno del Ministero provocarono la destituzione del generale Žukov e il nuovo gruppo dirigente cambiò immediatamente atteggiamento. Al Metropolita venne nuovamente chiesto di rinnegare il Papa, questa volta con la promessa di diventare la seconda autorità della Chiesa Ortodossa Russa dopo il Patriarca di Mosca.
Compreso ormai che ogni speranza di ottenere il riconoscimento della libertà della Chiesa greco-cattolica era svanita, e dopo alcuni incontri privi di qualsiasi risultato, Josyf Slipyj fu inviato in esilio presso la Casa degli Invalidi di Maklakovo, nei pressi di Enisejsk, in Siberia.
