Nuova condanna e secondo periodo di detenzione
Il 19 giugno 1958 il Metropolita Josyf Slipyj fu nuovamente arrestato dopo il ritrovamento del manoscritto di un nuovo volume della sua Storia della Chiesa Universale in Ucraina. Il secondo processo si svolse tra il 1958 e il 1959, prima a Krasnojarsk e poi a Kiev. Le autorità lo accusarono di aver scritto e diffuso lettere pastorali considerate antisovietiche e di aver tentato di ricostituire la Chiesa Greco-Cattolica Ucraina, sostenendo che essa fosse ormai giuridicamente inesistente.
Slipyj, tuttavia, disponeva di un argomento decisivo. Durante il soggiorno a Mosca nel 1953, quando gli era stato consentito di consultare le biblioteche, aveva studiato attentamente la legislazione sovietica in materia religiosa, constatando che non esisteva alcun provvedimento ufficiale di soppressione della Chiesa Greco-Cattolica Ucraina. La sua esistenza non era stata abolita per legge, ma soltanto repressa sul piano amministrativo. Questa constatazione divenne uno dei principali argomenti della sua difesa.
Nel maggio del 1959 dichiarò davanti al tribunale:
«Chiedo al tribunale di riconoscere che non sono un criminale, ma un difensore della fede greco-cattolica... La Chiesa Greco-Cattolica non è stata proibita e, pertanto, servirla non costituisce un reato.».
Il 17 giugno 1959 fu condannato a ulteriori sette anni di lavori forzati. Venne dapprima deportato in Kamčatka e successivamente trasferito nei campi di Tajšet. In quel campo si respirava un clima particolare: durante i pasti era consuetudine recitare le preghiere e, nelle passeggiate serali, i detenuti di diverse confessioni religiose si confrontavano in lunghe discussioni di carattere spirituale e teologico.

La presenza di numerosi sacerdoti cattolici di elevata preparazione culturale permise inoltre la nascita di una vera e propria seminario clandestino. Le lezioni venivano impartite soprattutto in polacco, latino o tedesco, lingue generalmente incomprensibili ai sorveglianti. Una volta completata la formazione, il Metropolita conferiva l'ordinazione sacerdotale ai candidati direttamente nella propria baracca. Tutta questa attività si svolgeva nella massima segretezza, poiché la sua scoperta avrebbe comportato gravissime conseguenze.
Il noto dissidente Avram Šifrin ricordava così la figura di Slipyj:
«Il Metropolita conservava una straordinaria dignità persino nell'uniforme da detenuto... Rimaneva saldo e cercava di non essere mai di peso a nessuno... La sua attenzione e la sua bontà attiravano naturalmente le persone.».
Šifrin lo definì anche «la bandiera spirituale degli ucraini».
Nel 1960 Josyf Slipyj venne nuovamente trasferito nel complesso dei campi di Pot'ma, in Mordovia, dove avrebbe continuato la sua lunga testimonianza di fede e di resistenza.
