Ректор Богословської Академії
З Духовною Семінарією була тісно пов’язана Греко-Католицька Богословська Академія у Львові. Ставши у 1926 році ректором семінарії, о. д-р Йосиф Сліпий автоматично перебрав керівництво й Богословським факультетом. Митрополит Андрей планував розширити факультет на два відділи — філософський і богословський — і о. Сліпий став реалізатором цих намірів.

У своїй основній доповіді «Значіння і устрій Греко-Католицької Богословської Ака демії», виголошеній при її відкритті, о. Йосиф наголошував, що Академія постала як необхідність для розвитку богословської науки, як вислід повоєнного ідеалізму та прагнення підняти рівень богословської освіти. Він підкреслював, що без серйозних наукових установ народ ризикує втратити інтелектуальний потенціал. Академія має бути також об’єднуючим чинником нації, місцем діалогу, твердинею Унії, осередком, що повертає сучасну людину до Божої Правди.
Він наголошував, що Церква потребує не лише святих, але й учених священників. Семінарист, за його баченням, мав бути добре підготовленим у грецькій і латинській мовах, здобувати не лише богословську освіту, але й завершувати загальну інтелектуальну формацію.

Упродовж цих років о. Сліпий активно підтримував контакти з Апостольським Престолом і брав участь у богословських конгресах у Велеграді, Празі, Пінську, Львові. Як пам’ять про ці конгреси залишилася низка його важливих доповідей — зокрема: «De valore S. Thomae Aquinatis pro Unione eiusque influxu in theologiam orientalem» (Велеград, 1925), «De septenario numero Sacramentorum apud Orientales uti vinculo Unionis et conservationis fidei» (Велеград, 1933), «Візантинізм як форма культури» (Пинськ, 1934), «Погляд на з’єдинені і нез’єдинені Церкви Сходу і догматичні різниці між ними» (Львів, 1937), «De cultu SS. Cyrilli et Methodii in Ucraina» (Велеград, 1937).
