Арешт і суд
Під час першої більшовицької окупації над усіма висіла атмосфера непевності та щоденного очікування арешту. На початку радянсько-німецької війни, коли більшовики поспішно відступали зі Львова, вони ледве не вбили владику Йосифа Сліпого та членів митрополичої капітули. Їх вигнали з помешкань, поставили під стінку й протягом трьох годин тримали під дулами автоматів. Усі вже прощалися з життям, але несподівано їм даровано волю.
Початок німецької окупації означав для Йосифа Сліпого короткий період відносного спокою. За цей час йому вдалося частково відновити діяльність Семінарії, організувати навчальний процес і поновити видання журналу «Богословія». 5 грудня 1943 року архієпископ Йосиф Сліпий взяв участь в урочистостях з нагоди 300-річчя беатифікації священномученика Йосафата Кунцевича. Під час святкової академії у Львові він виголосив глибоку доповідь, присвячену духовній величі та історичному значенню цього святого для українського народу.
Однак із поверненням більшовиків у липні 1944 року всі ці структури знову були закриті, і почався новий період переслідувань.
Після смерті Митрополита Андрея Шептицького 1 листопада 1944 року Йосиф Сліпий автоматично став Галицьким Митрополитом, і весь тягар відповідальності за долю Церкви ліг відтоді на його плечі.
Із наближенням закінчення війни більшовицька влада розпочала рішучий наступ на Українську Греко-Католицьку Церкву. План її ліквідації був розроблений у Москві працівником держбезпеки Георгієм Карповим і затверджений особисто Йосифом Сталіним.
Цей план передбачав створення Ініціативної групи для проведення так званого «об’єднавчого собору» та проголошення «возз’єднання» УГКЦ з Російською Православною Церквою. Однак основною перешкодою на шляху до цієї мети була єрархія УГКЦ.
Тому 11 квітня 1945 року були арештовані майже всі єпископи УГКЦ разом із Йосифом Сліпим. Спочатку радянська влада сподівалася, що їй вдасться схилити Митрополита чи бодай когось із єпископів до апостазії. Тому спершу йому навіть не висували конкретних звинувачень. Його лише водили на виснажливі, безконечні допити, які тривали день і ніч, із чіткою метою: фізично й психологічно виснажити.
Після кількох діб безсоння, голоду та допитів, коли він уже ледве тримався на ногах, радянські слідчі почали вимагати від нього відректися Папи. За це йому обіцяли Київську митрополію. Митрополит рішуче відмовився. Почалися нові наступи, катування, моральний та фізичний тиск, але вони також нічого не дали.
У своєму “Споминах” Митрополит так описав досвід слідства й ув’язнення:
«І дійсно, мене арештовано 11-го квітня 1945р., приблизно о 19-й годині вечером. Була це середа. Вже зрана Святий Юр кругом обставлено стійками… Полковник Мельников приніс мені рішення від прокурора про арешт. Мене обшукали та забрали в авто і відвезли на Лонцкого. Пригадую собі, яка то була прикра річ почути на собі розбишацькі руки.
Після мого арешту настала страшна паніка і НКВД почало акцію переведення на православіє. Під проводом о. Костельника зорґанізовано “Ініціятивну Ґрупу”, яка зачала приготовляти т.зв. “Львівський Собор”. Арештовані опісл я священики, учасники того т.зв. “Собору”, оповідали про жахливий терор. По “Соборі”, Горюн радісно кричав переді мною: “Але ми вкропили Папі”. На то я сказав, що 7 мільйонів — невелика кількість, щоби потрясти Католицькою Церквою, “а ви терором тільки себе компромітуєте»
Коли радянська влада переконалася, що Митрополит не піддається тискові, не ламається під терором і не погоджується підписувати неправдиві свідчення, проти нього почали свідомо фабрикувати кримінальну справу.
Йому закидали, що він нібито був агентом Ватикану; що разом із митрополитом Шептицьким організовував антирадянську діяльність духовенства на користь німецької окупаційної влади; що обидва співпрацювали з німецькими розвідслужбами; що він керував так званим «об’єднанням» націоналістичного підпілля; а також що брав участь у формуванні дивізії “Галичина”. Для ще більшої дискредитації вони поширювали огидні чутки, що Йосиф Сліпий — нібито незаконний син Митрополита Андрея або що той був отруєний. Фактично судили його за діяльність Митрополита Андрея, якого більшовики ненавиділи, але судити не могли, бо він уже помер.
Усі ці звинувачення, як і багато інших, мали відверто надуманий і безпідставний характер. Однак ніхто в ці вигадки не вірив, і від них швидко відмовилися.
Після більш ніж річного слідства 10 травня 1946 року військовий трибунал засудив його до восьми років виправно-трудових таборів. Однак, на відміну від інших в’язнів, його не одразу відправили але ще протягом двох місяців утримували в одиночній камері, оскільки слідчі намагалися домогтися перегляду вироку в Москві та добитися смертної кари або, принаймні, двадцяти п’яти років ув’язнення, однак без ніякого успіху.
Паралельно радянська влада організувала так званий «Львівський собор» (березень 1946 р.), що проголосив ліквідацію УГКЦ і «возз’єднання» з Московським патріархатом.