Перший період ув’язнення
Після вироку військового трибуналу для митрополита Йосифа Сліпого розпочався довгий шлях сибірських етапів. Пересилки тривали місяцями. Вагони для в’язнів, холод, голод, багатокілометрові переходи під конвоєм — усе це ставало частиною повсякденності. Маршрут пролягав через Новосибірськ, Маріїнськ у Кемеровській області, Боїми, Кіров.
У Маріїнську він тяжко захворів: переніс запалення легень і дизентерію. Виснажений, фізично ослаблений, він мусив виживати в кримінальному середовищі табору. У лютому 1947 року в Боїмах він зламав руку. Лікар іронічно зауважив: «Іншим ламають ребра, а вам зломили тільки руку». Рука зрослася без належного лікування, як і більшість поранень табірного життя — без належної опіки, але з великою внутрішньою витривалістю.

У 1947 році його перевели до Печори та Інти — одних із найважчих таборів системи ГУЛАГу. Сам Сліпий пізніше писав:
«Печора — це найгірший лагер після Колими і Норильська. Полярія, вічна мерзлота, пів року день, а пів року ніч».
Кліматичні умови були крайні: мороз, вологість, полярні зміни світла і темряви, постійне виснаження. Проте навіть тут ві н залишався духовною опорою для інших в’язнів — священиків, мирян, співстраждальців. Потім десь весною 1948 року Сліпого відправили в Косью Комі АРСР, Потьму.
У 1948–1949 роках він перебував у таборі № 23 Темяковського району Мордовії. Взимку 1948–1949 року його стан здоров’я різко погіршився: висока температура, ураження легень, крайня слабкість. Його клали до шпиталю, але за наказом оперативних служб неодноразово повертали до загального режиму. Навіть тяжка хвороба не звільняла від статусу «небезпечного» в’язня.

Навіть у табірних умовах Митрополит намагався звершувати Божественну Літургію та сповідати в’язнів. Він сам про це згадував: «Я правив там щодня Службу Божу і причащав єпископа Миколая Чарнецького та отця Градюка».
Навіть у таборах він залишався вчителем: коли тільки траплялася нагода, навчав співв’язнів мов і пояснював їм різні богословські та культурні питання.
У 1950 році митрополита несподівано етапували до Києва для участі як свідка в одному з судових процесів. Після цього його знову повернули до Потьми (Мордовія), а згодом перевели до 14-го лагпункту. Пересилки залишалися однією з найтяжчих форм табірного існування: невизначеність, багатоденні переїзди, постійний нагляд і психологічний тиск.
15 травня 1953 року його викликали до спеціальної комісії. Йому знову запропонували перехід на православ’я з обіцянкою повернення титулів і навіть можливого надання високих посад у структурі Російської Православної Церкви. Це була чергова спроба зламати його морально. Відповідь залишилася незмінною — категорична відмова.
Несподіваним поворотом стали події червня 1953 року, одразу після смерті Сталіна, коли його викликали до Москви в справі налагодження контактів з Ватиканом. Генерал Жуков запропонував написати історію Української Греко-Католицької Церкви в СРСР. Отримавши дозвіл працювати в бібліотеках, він зумів певний час щоденно відвідувати наукові фонди. Саме тоді він збирав матеріали, які згодом стануть основою його великої праці — «Історії Вселенської Церкви на Україні». Навіть у статусі в’язня він залишався науковцем.
Коли 26 червня 1953 року арештували Лаврентія Берію, у міністерстві почалися чистки, і генерала Жукова усунули. Нове керівництво відразу змінило тон і запропонувало Митрополитові відректися папи в обмін на друге місце в ієрархії РПЦ після московського патріарха.
Митрополит зрозумів, що справа свободи УГКЦ програна, і після кількох безрезультатних зустрічей його відправили на заслання до Дому інвалідів у с. Маклаково біля Єнисейська (Сибір).
