Новий засуд і другий період ув’язнення
19 червня 1958 року Митрополита знову арештували через виявлений рукопис чергового тому «Історії». Другий процес тривав майже рік — у Красноярську й Києві (1958–1959). Його звинувачували в написанні та поширенні антирадянських пастирських листів і «спробах відродити УГКЦ», виходячи з того, що «УГКЦ не існує».
Натомість Йосиф Сліпий ще під час переговорів 1953 року, маючи змогу працювати в бібліотеках Москви, ретельно перевірив радянське релігійне законодавство і переконався, що жодної офіційної заборони УГКЦ на державному рівні не було, а значить, вона переслідується лише на адміністративному рівні. Цей факт став для нього важливим аргументом для захисту прав УГКЦ. У травні 1959 року він заявив у суді:
«Я прошу суд взяти до уваги, що я не злочинець, а захисник греко-католицької віри... Греко-Католицька Церква не заборонена, і тому служіння їй не являється злочином».
17 червня 1959 року його засудили на 7 років таборів. Сліпого відправили етапом на Камчатку, згодом в Тайшетські табори. Характерною рисою цього табору була наявність молитви під час трапез та релігійних диспутів між віруючими різних віросповідань під час вечірніх прогулянок.
Оскільки в цьому таборі разом зі Сліпим перебували також інші освічені католицькі священники, то там утворилася своєрідна підпільна семінарія, в якій готували кандидатів до священства. Виклади велися переважно іноземними мовами (польською, латиною чи німецькою), незрозумілими для наглядачів. Згодом підготовлених кандидатів до священства Митрополит висвячував просто у своєму бараку в таборі. Вся ця діяльність звичайно проводилася в суворій конспірації, бо за неї можна було дорого поплатитися.
Відомий дисидент Аврам Шифрін згадував:
«Митрополит виглядав велично навіть у своїй арештантській одежі… тримався непохитно і старався не бути тягарем нікому… Його уважливість та ласкавість приваблювала людей».
Він називав Митрополита «духовним прапором українців».
У 1960 році його знову відправляють у Потьму.